Se les responsabiliza de cometer delitos atroces —clasificados como crímenes de lesa humanidad y de guerra— en perjuicio de las comunidades civiles de la región meridional y oriental de la nación.
El tribunal indicó que los hechos permanecieron durante décadas sin una respuesta judicial efectiva; además, la decisión responde a los reclamos de 2.436 víctimas acreditadas, entre ellas campesinos, docentes, líderes comunales, integrantes de comunidades de fe, mujeres y miembros de la fuerza pública.

Entre los imputados figuran cuatro antiguos integrantes del último Secretariado de las FARC que ejercieron mando: Rodrigo Londoño ("Timochenko"), Julián Gallo ("Carlos Antonio Lozada"), Jaime Alberto Parra ("Mauricio Jaramillo" o "El Médico") y Milton de Jesús Toncel ("Joaquín Gómez").
La imputación también incluye a otros 23 comandantes que ejercieron mando y control sobre tropas de esas estructuras, entre ellos responsables de células urbanas que ordenaron atentados con explosivos y asesinatos de civiles, según la investigación de la Sala de Reconocimiento de Verdad.